Az első, „SE” vagy „Special Edition” becenevet viselő Apple iPhone 2016-ban jelent meg, és az első hivatalosan „megfizethető” iPhone-t képviselte. Ez egyfajta belépő szintet jelentett az iOS ökoszisztémába, hasonló vagy azonos teljesítménnyel, de régebbi készülékházzal. Az „SE” rövidítés mára elvesztette eredeti jelentését, így a telefon újragondolt koncepciójához igazodva a névváltás logikus lépés a termékpaletta letisztítása érdekében. Az új modell az iPhone 16 nevet kapta, a végén egy kis „e” betűvel kiegészítve, ami a belépő szintű pozícionálását jelzi az iOS kínálatában.
A legszembetűnőbb változás a dizájnban mutatkozik. Az utolsó két iPhone SE modell az iPhone 7 vagy iPhone 8 idejéből származó régi dizájnt idézte. Hiányzott belőlük a FaceID, a kijelzőn lévő kivágás vagy akár a Dynamic Island, nem volt szögletes kialakításuk, viszont hatalmas keretük volt a kijelző körül és TouchID ujjlenyomat-olvasójuk. Első pillantásra egyértelmű volt, hogy ezek a sorozat legolcsóbb telefonjai.
A most megjelent legolcsóbb iPhone végre megkapta a modernebb, szögletesebb dizájnt, és az OLED kijelző tetején a kamerának és szenzoroknak helyet adó bevágást, ami egyben azt is jelenti, hogy a Touch ID ujjlenyomat-olvasó végleg eltűnt. A telefon feloldása így már csak Face ID-vel vagy jelszóval lehetséges. Első ránézésre az iPhone 16e könnyen összetéveszthető az iPhone 13-mal, mivel mindkét modell ugyanolyan bevágással rendelkezik a 6,1 hüvelykes kijelzőn, amely továbbra sem kínál 120 Hz-es képfrissítési frekvenciát (ahogy a jóval drágább iPhone 16 sem).